C-末端蛋白测序（C-terminal protein sequencing）是指解析蛋白质C-端（羧基末端）氨基酸序列的技术。蛋白质的C-末端不仅是其三维结构稳定的锚定点，更是翻译后修饰、亚细胞定位及功能调控的关键区域。然而，相较于N-末端，C-末端的分析长期面临技术瓶颈——其缺乏通用酶切位点、易受化学修饰干扰，且低丰度肽段在质谱中信号微弱。近年来，随着化学标记、高分辨质谱及生物信息学工具的突破，C-末端蛋白测序技术逐渐成熟，为蛋白质组学研究开辟了新维度。

一、C-末端蛋白测序的核心方法

1、化学与酶解联用策略

传统Bottom-up蛋白质组学高度依赖胰蛋白酶，但它在C端识别中效果有限。为克服这一限制，发展出多种酶解与化学裂解组合策略：

（1）羧肽酶法：逐步剪切C端氨基酸，直读序列，但酰胺化等修饰会影响效率；

（2）化学裂解法：如羟胺切割特定位点，可生成带C端的特征肽段，但需控制反应条件；

（3）混合酶解体系：如胰蛋白酶联合羧肽酶Y，提升C端覆盖率与特异性，已被多个科研团队验证有效。

2、质谱技术

液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）仍是C-末端蛋白测序分析的主流平台，但其参数需针对性优化：

（1）碎裂模式选择：电子转移解离（ETD）保留不稳定的C-末端修饰（如磷酸化），而高能碰撞解离（HCD）可增强y离子系列信号；

（2）离子淌度辅助：差分迁移率（DMS）分离同质异序肽段，降低复杂样本干扰；

（3）数据采集模式：平行反应监测（PRM）靶向已知C-末端序列，数据非依赖采集（DIA）实现无偏覆盖。

3、化学标记与富集技术

C-末端羧基的化学惰性促使定向标记策略的发展：

（1）碳二亚胺（EDC）介导偶联：通过EDC激活羧基并与生物素-酰肼结合，利用链霉亲和素磁珠富集C-末端肽段；

（2）同位素编码定量：引入稳定同位素标签（如TMT）实现多重样本的定量比较；

（3）光交联捕获：紫外激活的探针（如diazirine）共价标记C-末端，提升低丰度肽段回收率。

二、C-末端蛋白测序的应用及意义

1、蛋白质功能与结构解析

（1）翻译后修饰图谱：C-末端的酰胺化、甲基化等修饰调控蛋白质活性，如降钙素基因相关肽（CGRP）的C-端酰胺化对其血管舒张功能至关重要；

（2）结构域边界界定：C-末端截短突变体分析可揭示结构域（如SH3、PDZ域）的功能独立性；

（3）蛋白质相互作用：许多信号蛋白（如G蛋白偶联受体）通过C-末端与下游效应分子结合。

2、疾病标志物发现

（1）癌症相关剪切变体：肿瘤细胞中异常RNA剪接导致C-末端截短，如前列腺癌中AR-V7变体缺失C-端配体结合域，赋予抗雄激素治疗耐药性；

（2）神经退行性疾病：β-淀粉样蛋白（Aβ）的C-末端长度（如Aβ42比Aβ40更易聚集）直接关联阿尔茨海默病病理进程；

（3）自身免疫病诊断：类风湿关节炎患者血清中抗C-末端环瓜氨酸肽（抗CCP）抗体是特异性生物标志物。

3、药物开发与优化

（1）抗体药物质量控制：治疗性抗体的C-端赖氨酸异质性影响药效，需通过测序确保批次一致性；

（2）多肽药物设计：C-末端修饰（如聚乙二醇化）可延长药物半衰期，如GLP-1类似物的C-端脂肪酸链增强稳定性；

（3）靶向蛋白降解：PROTAC分子通过劫持E3连接酶定向降解靶蛋白，其效力依赖对靶蛋白C-末端降解信号（degron）的识别。

尽管技术进步显著，C-末端蛋白测序仍面临多重挑战：单细胞水平的检测灵敏度不足、多重修饰共存解析困难、以及临床样本前处理标准化缺失。解决这些问题需融合化学探针设计（如点击化学标记）、仪器工程（如超导纳米线单光子探测器）与人工智能（如深度学习驱动的修饰预测）。此外，与结构生物学、合成生物学的交叉研究，将加速C-末端功能机制的阐明与其在合成生命系统中的应用。凭借专业的技术团队和7大质量控制检测平台，百泰派克生物科技为从事蛋白质测序研究的科研人员提供高质量的蛋白质N/C端测序服务，获得广泛认可。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

>>点击了解更多优质服务项目